La vida en el Reino Champiñón se ve una vez más trastocada por el secuestro de la Princesa Peach. Bowser no puede calmarse y no se le ocurre nada nuevo excepto secuestrar a la princesa. Mario en Super Mario Flash emprenderá un viaje para salvar a una niña, esta no es la primera vez para él y tienes una razón para volver a participar en una divertida aventura. Guía a Mario a través de las plataformas, saltando sobre setas y tortugas malvadas. Encuentra el gran agárico de mosca mágico que convertirá al fontanero en Super Mario. Además, podrás encontrar una flor mágica en las plataformas, que también fortalecerá al héroe y le dará fuerza en Super Mario Flash.
